Alegia Donostiatik 30 Km.ra dago, hegoaldean hain zuzen. Beheko aldea, hirigunea eta industrigunea bertan kokatzen direlarik, Oria eta Amezketa ibaien ibar estuen artean dago, 94 m.ko altueran, Gainontzeko lurraldeak malda biziak ditu, baso-zelaiz josita dagoelarik. Udalaren guztizko azalera 7,8 km2koa da eta orografiaren punturik garaiena 575 m.ra dago. Itsasaldearen arabera. Alderik altuenean dagoen baserria Ariztizabal izekoa da, 415 m.ra, hain zuzen.

 Kokapenak eta komunikazio-sistemak eskualde txiki baten erdigunea bihurtzen dute Alegia, RENFEko geltokia hor baitago, Donostia - Gasteiz autobidea ondoan du eta bertatik igarotzen dira Altzo, Amezketa, Bedaio, Orendain, Abaltzisketa, Larraitz eta Aldabara doazen errepideak.